Добрый день!
Цитата: Подотчетные деньги могут быть выданы только работникам организации.
Не совсем так.
Аванс под отчет может быть выдан не только работнику организации (т.е. тому, кто на трудовом догвооре), но и тому, у кого с организацией договор ГПХ.
Цитата: Сотруднику компании на карту его личную дебетовую перечислялись в течении года подотчетные суммы, а в конце года 31.12 сделан один авансовый отчет., т.е он по этим суммам за весь год отчитался 31.12.
А что он в течение года делал с этими деньгами?
Использовал по назначению - приобретал товары, оплачивал работы или услуги?
И Вы в течение года не относили эти товары, работы или услуги на расходы? Ведь без авансового отчета этого не сделаешь.
Или он оплачивал что-то другое?
Столь длительные периоды без авансового отчета налоговики всегда внимательно рассматривают и, если нет разумного объяснения, считают эти деньги займом работнику и считают материальную выгоду и НДФЛ.
Так что, кроме формальной стороны у Вашего вопроса есть весьма суровая неформальная сторона.
Успехов!